Všechny žádosti o podporu projdou standardně kontrolou formálních náležitostí a kontrolou přijatelnosti podle kritérií schválených Monitorovacím výborem IROP. „Shodli jsme se při jednání s hejtmany, že výběrová kritéria se měnit nebudou. Výzvy č. 99 a 100 mají na základě výsledků jednání mezi MMR, MZd. a Asociací krajů ČR upravené parametry tak, aby mohla být finančně posílena předchozí výzva č 98 a uspokojeny úspěšné projekty,“ řekl náměstek sekce evropských a národních programů Zdeněk Semorád a dodal: „Projekty jsou do obou dnešních výzev předkládány postupně a nedochází k okamžitému překročení alokace a tudíž není časové hledisko relevantní.“
 
Pravidla pro výzvy byla nastavena po dohodě se všemi kraji. Obě výzvy jsou otevřené a příjemci mohou dále předkládat žádosti o podporu. Aktuálně:
99. výzva IROP – 25 předložených projektů za 2,23 mld. Kč; alokace výzvy 2,45 mld. Kč, výzva naplněna na 91 %, 
100. výzva IROP – 24 předložených projektů za 876 mil. Kč; alokace výzvy 1,16 mld. Kč, výzva naplněna na 75 %
 
Na jednání mezi MMR, MZd a Asociací krajů ČR došlo k dohodě, že bude navýšena 98. výzva a úkor výzev č. 99 a 100. Navýšení výzvy č. 98 už proběhlo v minulém týdnu a nová alokace výzvy č. 98 činí 11 508 059 639 Kč. Zároveň došlo na základě jednání s partnery u výzvy č. 99 a 100 k úpravě jejich parametrů takovým způsobem, aby nedošlo okamžitému převisu poptávky nad alokací výzvy.
 
U výzvy č. 98 aktuálně probíhá standardní hodnocení projektů. Národní úřad pro kybernetickou a informační bezpečnost potvrdil, že v průběhu výzvy č. 98 nedošlo k neoprávněné manipulaci s dotační výzvou. Na základě jednání vlády s hejtmany byla 98. výzva navýšena o 3,5 mld. Kč a další navýšení výzvy očekáváme na podzim 2021 po přidělení druhé tranše prostředků Evropské komise do REACT-EU pro ČR.