České orgány nyní realizují další opatření, k nimiž se zavázaly v reakci na auditní zprávu Evropské komise, a probíhají kontroly projektů. Zároveň české orgány analyzují možné právní kroky, které by vedly k získání rozhodnutí soudu týkajícího se postupu při aplikaci podmínek upravujících poskytování dotací ve vazbě na prevenci střetu zájmů. Ve věci střetu zájmů dosud neexistuje pravomocné soudní rozhodnutí. Pouze soudy mohou v rámci ČR závazně vykládat právní předpisy, avšak takovým výkladem zatím české orgány nedisponují.

Pokud jde o zveřejnění dalších dokumentů – byla to EK, která opakovaně žádala české orgány o důvěrné zacházení s dokumenty, a byla to EK, která nyní rozhodla o zveřejnění jednoho z nich – závěrečné auditní zprávy. Další navazující korespondenci EK nicméně nezveřejnila. S ohledem na skutečnost, že komunikace s EK nadále probíhá, a s ohledem na možný budoucí soudní spor české orgány další dokumenty zveřejňovat také nebudou.

Co se týká poskytnutých dotací holdingu Agrofert v rámci předmětného auditu, MMR žádné dotace nevyplatilo, tudíž další kroky jsou plně v kompetenci řídicích orgánů jednotlivých operačních programů.